单 光宇

研三在读

Summary

军事医学科学院在读研究生,热爱Linux,积极拥抱分布式计算。具有较强的学习能力,实践能力,能够独立完成小型科研任务。

Skills & Expertise

这些是我平时用过/熟悉的编程语言、框架和工具,带 § 符号的是我比较喜欢和常用的。

Programming Languages

Frameworks & APIs

Software & Tools

Projects

基于文本挖掘方法预测潜在益生元

2014年 ,研究项目(Python、R)

开发了基于 MeSH 的文本挖掘方法来预测潜在的益生元。索引出 PubMed 中所有已知益生元的全部相关文献,挖掘出重要特征,预测潜在的益生元。特异性可以达到 0.838,敏感性 0.876。根据后续的文献调研,有大量文献支持我们的预测结果。

利用 TCGA 数据实现癌症耐药性预测

2015年 ,研究项目(Python、R)

筛选出若干突变基因作为特征,采用5重交叉验证,分别使用 RF、SVM、LASSO 进行模型训练,发现能够达到很高的分类效果。其中 SVM 算法在头颈鳞癌数据集中 AUC 能够达到 0.980,表示能够显著区分耐药样本和非耐药样本。

基于微信公众平台的文献定制服务

2014年 ,工程项目(Python、Nginx、MongoDB)

文献学习是科研人员跟踪领域进展,思考课题发展的必要途径。 为了解决移动端跟踪文献的繁琐问题,本文借助移动互联网即时性、便捷性、个性化等特性,开发了基于微信公众平台的文献定制服务。 该服务通过解析用户输入,动态匹配自构建的期刊名表,索引 PubMed 数据库,实现期刊个性化订阅、文献查询、影响因子查询等便捷功能。对于提高科研人员的文献学习效率,降低追踪文献的时间成本具有较大的价值。

肝细胞癌术后生存率相关分子在复杂网络中的拓扑特性研究

2015年 ,研究项目(Python、R、Cytoscape

目的 从系统层面探索基因和 microRNAs(miRNAs) 的网络结构,并且结合生存分析技术,研究生存率相关分子的拓扑特性。方法利用肝细胞癌的基因和 miRNAs 表达谱数据构建调控网络,并研究节点中患者的生存信息。结果 对基因共表达网络节点的度进行全局计算发现,整个网络节点的度服从幂律分布,在一个网络中,度相对较高的节点称为“集线器(Hub)”,与普通节点相比,这些 Hub 节点中与生存相关的基因更为富集。结论 基因调控网络中的 Hub 节点,有希望作为分子分型的潜在特征。

Publications

  1. 单光宇, 卢一鸣, 屈武斌 and 张成岗. 基于微信公众平台的文献定制服务. 生物信息学, 2015, 13(2), 120-124. [PDF]
  2. 单光宇, 卢一鸣 and 张成岗. 基于微信公众平台的文献定制系统[简称:PCRMaster] V1.0 软件著作权;登记号:2016SR177461;登记日:20160712.
  3. 单光宇, 卢一鸣, 屈武斌 and 张成岗. 肝细胞癌术后生存率相关分子在复杂网络中的拓扑特性研究. 军事医学, 2015, 39(9), 691-693. [PDF]
  4. Yiming Lu, Wubin Qu, Guangyu Shan, and Chenggang Zhang. DELTA: A Distal Enhancer Locating Tool Based on AdaBoost Algorithm and Shape Features of Chromatin Modifications. PloS ONE, 10.6(2015): e0130622.
  5. Yiming Lu#, Guangyu Shan#, Jiguo Xue#, Changsheng Cheng and Chenggang Zhang. Defining the multivalent functions of CTCF from chromatin state and three-dimensional chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2016, doi: 10.1093/nar/gkw249.

Education

2013.09 - 至今 ,军事医学科学院,生物信息学,研究生
2009.09 - 2013.07 ,武汉生物工程学院,生物工程,本科生

Honors and Awards

Interests

跑步、游泳、旅游。

Last Updated @ April 25, 2016 by Guangyu Shan.